Die Kapuzinerkirche wurde 1618 von Anna, der Gemahlin des Kaisers
Mathias testamentarisch gestiftet. Zugleich verfügte sie den Bau einer
Gruft, in der sie und der Kaiser bestattet werden sollten. 1622 wurde
der Grundstein zum Bau der Kirche gelegt und 1633 wurden die Leichname
des Gründerpaares in die Gruft überführt. Seither wurden die meisten
Mitglieder der Familie Habsburg dort bestattet, wozu die Gruft mehrmals
erweitert werden mußte. Meist wurden die Leichname zur Einbalsamierung
seziert, ihre Herzen wurden in Silberbechern konserviert und in der
Gruft der Loretto-Kapelle in der Augustinerkirche aufbewahrt, ihre
Eingeweide wurden in die Herzogsgruft der Katakomben des Stephansdomes
überführt.
Bis zur Beisetzung Zitas, der Gemahlin des letzten österreichischen
Kaisers Karl I, im Jahr 1989 wurden 145 Mitglieder der Familie hier
bestattet.
Die verschiedenen Grüfte tragen gemäß ihrer Entstehungszeit sehr
unterschiedliche Züge: von dem schlichten Raum der Gründergruft über die
Maria-Theresien-Gruft, die ganz im Sinne barocker Theatralität gestaltet
ist und eher als Mausoleum, denn als Gruft bezeichnet werden kann, bis
zur Neuen Gruft, die erst in den 60-er Jahren unseres Jahrhunderts
entstanden ist, als die Särge neu angeordnet wurden.
Der Kampf zwischen dem Tod und der auf Fortbestand ausgerichteten Macht
einer Herrscherfamilie wird in den schweren, reich verzierten
Metall-Sarkophagen symbolisiert.. Vor allem der Doppelsarkophag Maria
Theresias und ihres Gemahles Franz Stephan ist an detailreicher
Figuralität nicht zu überbieten. Der Kontrast zum asketischen Sarg ihres
Sohnes und Nachfolgers Joseph II bieten ein augenscheinliches Bild für
den Übergang vom Barock zur Aufklärung. Heute herrscht auf Grund des
Andranges von Reisegruppen und Schulklassen eine Stimmung, die zur
respektgebietenden Monumentalität der Todesdenkmäler in denkwürdigem
Kontrast steht.