Kaiserin Anna, die Gemahlin der Kaisers Matthias, hegte den
Wunsch, nahe der Burg zugleich mit einem Kapuzinerkloster auch eine
Begräbnisstätte zu bauen und errichtete in ihrem Testament vom 10.
November 1618 hiefür eine Stiftung. Da die Kaiserin noch im selben
und ihr Gemahl im folgenden Jahr
starb, verzögerte sich die Gründung. Am 8. September
1622 nahm im Beisein Kaiser Ferdinands II. und seines Hofes Kardinal
Franz von Dietrichstein, Fürstbischof von Olmütz, die feierliche
Grundsteinlegung vor. Die Ungunst der Zeit (Dreißigjähriger Krieg) ließ
den Bau nicht so rasch vorankommen als man erwartete. Deshalb wurde
1627, als der größte Teil der Kirche fertig war, der Hochaltar, die
rechte Seitenkapelle Mariä Opferung und der Altar in der Krypta unter
dem Presbyterium geweiht. Erst nach weiteren fünf Jahren, am 25. Juli
1632, konnte der Wiener Bischof Anton Wolfrath die Weihe der Kirche
unter dem Titel "Maria von den Engeln" vornehmen.
Zur Zeit der Türkengefahr wirkte hier P. Emmerich Sinelli von Komorn. Er
war Konferenzminister Kaiser Leopolds I. und von 1681-1685 Bischof von
Wien. Damals lebte auch der berühmte Prediger P. Prokopius von Templin
in dieser Stadt. Aufs engste mit der Befreiung Wiens von der
Türkengefahr verbunden ist der am 27. April 2003 durch Papst Johannes
Paul II. selig gesprochene P. Markus von Aviano, Päpstlicher Legat, der
1699 starb und vor dem rechten Seitenaltar (Pieta-Altar) beigesetzt ist.
In den Jahren 1840-1842 wurde das bereits baufällige Kloster unter
Kaiser Ferdinand 1. niedergerissen und in seiner heutigen Form erbaut.
Die Kirche hingegen wurde in ihrer ursprünglichen Gestalt belassen.
Während des Zweiten Weltkrieges musste das Kloster Teile für
militärische Zwecke abtreten und hatte in der Endphase des Krieges
Bombenschäden zu erleiden. Im Jahre 1970/71 wurden die wertvollen
Hochaltäre und die Altar und Chorbilder, das große Hochaltar, und
Chorbild schon um 1950 gründlich restauriert.
In der Kirche befinden sich Gemälde von P. Norbert Baumgartner, ein
Marmoraltar, Peter Strudel zugeschrieben, und eine Kopie des
Gnadenbildes Maria, Trösterin der Betrübten. Die Renovierung des
Innenraumes erfolgte im Jahre 1976.